Setelah 5 tahun proklamasi kemerdekaan Indonesia, tepatnya tahun 1950, sejumlah tokoh Islam memiliki rencana untuk membangun sebuah masjid yang nantinya akan menjadi kebanggaan Indonesia. Lalu pada tahun yang sama juga K.H.Wahid Hasyim, yang waktu itu menjabat sebagai menteri agama, melakukan pertemuan dengan H. Anwar Tjokroaminoto yang tidak lain adalah ketua Partai Serikat Islam. Pertemuan tersebut bertujuan untuk membahas rencana pembangunan Masjid Istiqlal. Pertemuan yang dihadiri sejumlah tokoh Islam pada masa itu dilaksanakan di gedung Deca Park, sebuah gedung pertemuan di jalan Merdeka. Pertemuan tersebut dipimpin oleh K.H. Taufiqurahman, sedangkan yang dipilih menjadi ketua panitia pembangunan masjid adalah H. Anwar Tjokroaminoto.
Baru pada tahun 1951, rencana pembangunan Masjid tersebut dilaporkan kepada Kepala Negara. Rencana pembangunan Masjid tersebut langsung disambut baik oleh presiden Soekarno, bahkan beliau bersedia membantu pembangunan masjid tersebut. Kemudian pada tanggal 24 Agustus 1951, dilaksanakan peletakan batu pertama sebagai tanda akan dibangunnya Masjid Istiqlal oleh presiden Soekarno. Sempat terjadi perselisihan tentang dimana masjid ini akan dibangun. Wakil Presiden Drs. Moh. Hatta mengusulkan agar masjid ini sebaiknya dibangun di Jln. M. Husni Thamrin, dengan alasan daerah tersebut merupakan daerah pemukiman penduduk muslim. Dengan dibangunnya masjid tersebut di sana akan memudahkan penduduk muslim beribadah. Berbeda dengan Drs. Moh Hatta, Presiden Soekarno justru mengusulkan agar pembangunan masjid Istiqlal dilaksanakan disamping gereja Kathedral, tepatnya di taman Wilhelmina. Usul presiden Soekarno tersebut bukanlah tanpa alasan. Pasalnya tempat yang diusulkan presiden Soekarno tersebut merupakan bekas reruntuhan benteng Belanda. Dengan demikian pembebasan lahan untuk pembangunan masjid tersebut tidak memakan banyak biaya. Selain itu dengan berdirinya masjid Istiqlal di samping gereja Kathedral akan menunjukkan semangat toleransi dan persatuan antar umat beragama.
Keadaan politik dan ekonomi pada masa itu mengakibatkan proses pembangunan masjid ditunda. Baru pada tanggal 7 Desember 1954, Presiden Soekarno membentuk yayasan masjid Istiqlal yang disahkan dihadapkan notaris Eliza Pondaag. Satu tahun kemudian, tepatnya tanggal 22 Februari 1955, Presiden Soekarno mengadakan sayembara untuk mencari arsitek berbakat yang nantinya diberi kesempatan merancang desain bangunan masjid Istiqlal. Sayembara tersebut boleh diikuti perorangan maupun kelembagaan. Ada beberapa peserta yang ikut dalam sayembara tersebut, diantaranya Federich Silaban dengan tema ketuhanan, R. Utoyo dengan tema Istighfar, Hans Gronewegen dengan tema Salam, 5 orang mahasiswa ITB dengan tema Ilham, dan 3 orang mahasiswa ITB yang lain dengan tema Khatulistiwa.
Pada sayembara tersebut, Ir. Soekarno yang langsung bertugas sebagai ketua dewan juri. Sayembara yang dimulai pada tanggal 22 Februari 1955 sampai 30 Mei 1955 itu berhasil menjadikan Federich Silaban, seorang arsitek Katholik ditetapkan sebagai pemenang pertama. Penetapan pemenang tersebut dilakukan di Istana Merdeka, sekaligus menganugerhkan sebuah medali emas 75 gram dan uang sebesar Rp. 25.000,-
Pada tanggal 24 Agustus1961 yang bertepatan dengan peringatan Maulid Nabi, Presiden Soekarno memancangkan tiang pertama masjid tersebut. Peristiwa tersebut disaksikan oleh ribuan umat islam. Setelah pemancangan tiang tersebut, pembangunan Masjid Istiqlal tidak berjalan lancar. Situasi politik pada masa itu mengakibatkan proses pembangunan masjid istiqlal tidak berjalan lancar. Ditambah lagi meletus nya peristiwa G30S PKI pada tahun 1965 mengakibatkan proses pembangunan masjid ini berhenti total. Setelah situasi politik mereda dan stabilitas keamanan negara sudah terkendali, pada tahun 1966 K.H. Ahmad Sahlan yang waktu itu menjabat sebagai menteri agama, mulai mempelajari kembali pembangunan masjid ini. Dua belas tahun kemudian tepatnya pada tahun 1978 Masjid Istiqlal telah rampung dibangun. Tidak menunggu lama, masjid yang biaya pembangunannya diperoleh dari APBN ini diresmikan oleh Presiden Soekarno pada tanggal 22 Februari 1978. Biaya pembangunan masjid ini sendiri menghabiskan sekitar 12 juta dolar Amerika atau setara dengan 7 miliar rupiah pada masa itu.
Masjid Istiqlal merupakan masjid Nasional negara Indonesia sekaligus menjadi masjid terbesar di Asia Tenggara. Karena statusnya sebagai Masjid Nasional, maka banyak terdapat peristiwa penting terjadi di masjid ini seperti upacara dan peringatan hari besar Islam termasuk hari raya Idul fitri, idul adha, isra’ mi’raj dan maulid nabi. Tepat pada tahun 1991, untuk pertama kalinya digelar perhelatan akbar untuk memperingati Festival Istiqlal yang pertama. Festival ini diselenggarakan untuk memamerkan seni dan kebudayaan islam di Indonesia. Dalam festival ini juga turut diundang perwakilan islam dari Arab Saudi dan Muslim Cina dari Uighur. Kemudian pada tahun 1995, juga digelar festival Istiqlal yang kedua yang bertujuan untuk memperingati Hari Ulang Tahun Republik Indonesia yang ke 50 tahun.
Masjid Istiqlal bukan hanya menjadi saksi festival dan perayaan saja, tetapi peristiwa kelam juga pernah terjadi disini. Seperti peristiwa pengeboman yang terjadi pada 19 April 1999 tepatnya pada pukul 15.20 WIB. Ledakan bom di lantai dasar masjid istiqlal ini mengakibatkan tembok dan kaca kantor sekretariat masjid rusak. Tidak hanya itu dua orang pengurus masjid juga dikabarkan terluka parah. 2 bulan paska ledakan tersebut polisi berhasil menangkap 7 orang pengamen yang merupakan pelaku dari aksi pengeboman tersebut. Pelaku pengeboman memang sudah tertangkap, namun otak dari aksi tersebut sampai sekarang belum diketahui.
Statusnya sebagai masjid terbesar di Asia Tenggara menjadikan masjid ini sebagai pusat perhatian. Bukan hanya wisatawan lokal tetapi juga wisatawan mancanegara datang untukmengunjungi masjid ini. Bagi wisatawan yang beragama islam, mereka bisa langsung berbaur dengan jamaah lain untuk sholat ataupun melakukan ibadah lain di masjid ini. Namun bagi wisatawan yang beragama non-islam, mereka harus mendapatkan bekal dari pengurus masjid tentang informasi dan tata cara saat berada di masjid istiqlal. Salah satu tata cara bagi wisatawan non-muslim yang berada di masjid ini adalah mereka tidak diperbolehkan masuk ke ruang utama masjid, mihrab dan mimbar. Namun jika mereka ingin melihat ruang utama masjid ini, mereka dapat melihatnya lewat balkon di lantai dua. Sedangkan bagian masjid yang lainnya boleh dikunjungi oleh wisatawan muslim maupun non muslim.
Pada tahun 2010, Presiden Amerika ke 44, Barrack Obama dan ibu Negara Amerika Michele Obama mengunjungi masjid yang memiliki gaya arsitektur islam modern international ini. Kunjungan Kepala Negara dari Negara lain ini bukanlah kali pertama. Sebelumnya pada tahun 1994 presiden Bill Clinton juga sempat mengujungi masjid yang memiliki luas 24.200 meter persegi ini. Bukan hanya itu, beberapa presiden dan tokoh penting di dunia juga pernah menjadi tamu VVIP di masjid ini. Diantaranya adalah Presiden Iran Mahmoud Ahmadinejad, Presiden Libya Muammar Gaddafi, Pangeran Charles dari Britania Raya, Wakil Ketua Partai Komunis Cina Li Yuanchao, Presiden Cile Sibastian Pinera, Presiden Austria Hrinz Fischer, Perdana Menteri Norwegia Jens Stoltenberg, Kanselir Jerman Angela Marker, dan terakhir pada tahun 2017 silam Raja Salman dari Arab Saudi juga menjadi tamu kehormatan di Masjid ini.
